Juan Alzate también toca con Orquesta Sinfónica varias obras: el Concertino para sax tenor, cuerdas y alientos de Bob Mintzer; The Stranger, de Bill Dobbins, para sax soprano., cuerdas, arpa y percusiones, ambas piezas clásicas influidas por el jazz; Air & Scherzo, de Henry Cowell, para sax alto, cuerdas y alientos, y Atonement, de Dave Liebman, saxofonista de jazz, para cuarteto de cuerdas y sax soprano. De estas obras, que han sido ya tocadas, Alzate tiene partitura y particellas. De igual forma, ha tocado el Concierto para sax alto y orquesta de cuerdas de Glazunov, y también cuenta con partitura y particellas.

También toca las sonatas San Antonio de John Harbison y la de Phill Woods, Le Papillon de Claude Bolling, obras para sax alto y piano, Inexorablemente de Juan Alzate y Sonata número 6 de Johann Sebastian Bach para sax soprano y piano, Tre Pezzi de Giacinto Scelsi para sax soprano solo y Sequenza IXb para saxofón alto solo de Luciano Berio.